1905年12月11日生于天津。原名承志，笔名居颖、居尹、亮俦，艺名菊影，后自改为菊隐。
1928年在燕京大学毕业前夕，焦菊隐和熊佛西组织了多幕话剧《蟋蟀》（熊佛西编剧）的演出，因讽刺军阀祸国殃民，而被通缉。大学毕业后，任北平市立二中校长。
1930年就任北平国立研究院出版部秘书，兼任北平大学女子文理学院英国小说作品讲师。
1931年9月，参加筹办北平戏曲专科学校，此校后改名为中华戏曲专科学校，焦菊隐担任第一届校长。戏校为京剧界培养了一大批有卓越成就的表演艺术家。
1935年秋，焦菊隐赴法国留学，广泛接触西方的文学艺术，观摩欧洲著名的各种戏剧流派演出。
1938年初被授予巴黎大学文学博士学位后，很快回国。
1941年，他一直在广西桂林工作，任广西大学文法学院教授，积极参加抗日活动。其间曾应"在华日本人民反战同盟西南支部"的邀请，担任《三兄弟》的导演顾问，还曾为国防艺术社导演曹禺剧作《雷雨》和阿英剧作《明末遗恨》等。这时他还和欧阳予倩参加桂剧的改革工作，为桂剧演员尹羲改编了《雁门关》，同时，写作了一系列关于旧剧改革的文章。
1942年初到四川江安，在国立戏剧专科学校任话剧科教授兼主任，在国内第一个把莎士比亚名著《哈姆雷特》搬上舞台。
1942年底离校到重庆，曾在重庆中央大学和社会教育学院任教。
抗战胜利后，焦菊隐返回北平任北平师范大学英语系教授兼主任，并为演剧二队导演《夜店》，获得成功。
1946年，焦菊隐回到阔别多年的北京，他住在复兴门内大街北侧，大沙果胡同的一处院落，这是他家的祖宅。他与失明的母亲、寡嫂和侄女同住。
1947年底，他创办了北平艺术馆，导演了话剧《上海屋檐下》（夏衍编剧）、京剧《桃花扇》（欧阳予倩编剧）。
1948年北平艺术馆被迫解散。焦菊隐又筹建校友剧团，并把莎士比亚的《罗密欧与朱丽叶》改编为京剧《铸情记》，由翁偶虹导演。在这一时期，他还写作了《聂米洛维奇-丹钦柯的戏剧生活》、《莫斯科艺术剧院五十周年》、《戏剧运动在今天》、《怎样“革新”旧剧》等论文。
1949年7月，他在上海与秦瑾新婚后回到北京，在东绒线胡同以南的抚院胡同（今育抚胡同）买了一个小院。院中有四间北房，一间作客厅，一间作书房，一间是母亲和三姐同住，剩下最小的一间是他与妻子的卧室。因买房钱未付清，房东仍住在东房里。西房堆满了装书的大箱子。
1950年为北京人民艺术剧院导演老舍的话剧《龙须沟》，以完美的舞台艺术形象、鲜明的人物性格、浓郁的生活气息和地方色彩，展示出现实主义舞台艺术的魅力。
1952年6月，北京人民艺术剧院改组成为专业话剧院，焦菊隐任第一副院长兼总导演和艺术委员会主任。
1956年他通过《虎符》（郭沫若编剧）的排练，进一步探索话剧向戏曲学习和舞台艺术民族化的道路。
1958年他导演了老舍的名剧《茶馆》和话剧《智取威虎山》。以后，他"一戏一格"地导演了《蔡文姬》、《三块钱国币》、《星火燎原》、《胆剑篇》、《武则天》、《关汉卿》。在这些剧目的排演中，焦菊隐把斯坦尼斯拉夫斯基体系的思想与中国戏曲艺术的美学原则融汇于自己的导演创造之中，逐步形成了自己的导演学派。作为这一学派的代表性剧目是《茶馆》和《蔡文姬》。
1962至1963年间，文艺界提出要积累艺术经验，特别要总结老艺术家的创作经验。焦菊隐静下心来，将自己的导演手记、底稿等清理出来，整理成文。
1966年，“文革”开始，焦菊隐首当其冲被打成反动学术权威、老反革命。
中华人民共和国成立以后，焦菊隐曾担任过中国文学艺术界联合会的全国委员，中国戏剧家协会的常务理事兼艺术委员会主任，第二、三、四届中国人民政治协商会议全国委员会委员。
1975年2月28日因肺癌病逝于北京，后葬于中华永久陵园。
